
Nedostatkom vody po výstavbe vodného diela trpia lužné lesy v dotknutom úseku rieky od Čunova po Sap na slovenskej aj maďarskej strane rieky.
Na obnovu prírodného územia a záchranu vzácnych druhov sa zameralo viacero ochranárskych projektov financovaných z nástroja Európskej komisie LIFE a spolufinancovaných Ministerstvom životného prostredia SR. Bratislavské regionálne ochranárske združenie (BROZ) na nich spolupracuje s Vodohospodárskou výstavbou, Slovenským vodohospodárskym podnikom, ako aj s ďalšími organizáciami envirorezortu. Jeden z aktuálnych projektov má priniesť obnovu rozsiahleho územia dunajských ramien v oblasti Dobrohošť – Sap, Kľúčovského a Číčovského ramena, Čiližského potoka, a mokradí v alúviách rieky Váhu, Ipľa a Dunaja. V Maďarsku sa to týka územia Národného parku Dunaj - Ipeľ.
„Spoločným menovateľom všetkých opatrení, ktoré budú v projekte realizované, je: zabezpečiť dostatočné množstvo vody pre tieto čoraz viac vysychajúce oblasti a zabezpečiť vhodný vodný režim pre pôvodné druhy rastlín a živočíchov,“ priblížil pre TASR predseda BROZ Tomáš Kušík. Okrem iného sa v rámci neho plánuje vybudovať alebo zrekonštruovať päť technických objektov v ramenách, aby sa zabezpečil dostatok vody, či vysadiť minimálne 57.500 stromov. Ramená budú obnovené v celej svojej dĺžke 4500 metrov. Odstránia sa z nich rôzne bariéry, ktoré bránia prúdeniu vody. Projekt takéhoto rozsahu sa zatiaľ na Slovensku nerealizoval a má slúžiť ako modelový príklad pre podobné projekty v budúcnosti.
Nedostatkom vody po výstavbe vodného diela trpia lužné lesy v dotknutom úseku rieky od Čunova po Sap na slovenskej aj maďarskej strane rieky. V danom úseku sa prerušil aj kontakt Dunaja a jeho bočných ramien, ramená sú napájané vodou umelo, vody je však menej. Výšku hladiny v ramenách preto udržiava sústava prehrádzok, ktoré sú zároveň migračnou bariérou pre ryby a prispievajú k zanášaniu ramennej sústavy. Problematike chýbajúcej vody v starom koryte Dunaja sa expertné tímy na Slovensku aj v Maďarsku venujú viac ako desaťročie.
Vodné dielo má vplyv aj na migráciu rýb. Gabčíkovo je jednou z troch bariér na 1920-kilometrovom úseku Dunaja od Čierneho mora až po Viedeň. “Nebyť týchto bariér, celý dolný, stredný a časť horného toku Dunaja by bola priechodná pre ryby a bolo by zabezpečené napr. rozmnožovanie migrujúcich jeseterovitých rýb z Čierneho mora, vrátane najväčšieho jesetera a európskej sladkovodnej ryby vôbec, vyzy veľkej,“ uzavrel Kušík.