V NVÚ Leopoldov bolo v tom čase približne 2500 odsúdených, z ktorých väčšina bola zaradená do tretej, najprísnejšej nápravnovýchovnej skupiny. Z nich si vyše 200 odpykávalo dlhoročný trest odňatia slobody za vraždu, 170 za znásilnenie, 370 za lúpeže, 320 za krádeže veľkého rozsahu. Týchto odsúdených, na ktorých sa vzťahovalo ustanovenie paragrafu 41 o obzvlášť nebezpečnej recidíve, sa amnestia prezidenta ČSFR V. Havla netýkala.

V NVÚ Leopoldov 2. januára 1990 začalo pracovať sedem trojčlenných senátov Okresného súdu v Trnave a od 4. januára toho roku postupne prepustili asi 552 väzňov v rámci amnestie prezidenta ČSFR. Senáty skúmali aj súdne spisy asi sto ďalších odsúdených, na ktorých sa vzťahovali ostatné paragrafy amnestie. Tí boli prepúšťaní na slobodu postupne.

Niekoľko väzňov začalo dňa 4. januára 1990 na protest proti "nedostatočnej" amnestii hladovku a pokúsilo sa o neprimerané formy protestu. Pracovníkom NVÚ sa situáciu podarilo o krátky čas zvládnuť.

Počas januára a februára 1990 sa v NVÚ Leopoldov zvýšilo medzi odsúdenými napätie a stúpla agresivita. Dňa 1. marca toho roku sa v objekte zvanom Hrad zabarikádovalo 217 väzňov a vyhlásili hladovku. Postupne sa k nim pridali ďalší odsúdení z iných oddielov. Rôznymi formami nátlaku vytlačili z objektu príslušníkov NVÚ a ovládli celú ubytovaciu časť.

Vzbura vrcholila 28. marca 1990 ráno, kedy väzni zapálili strechu Hradu, k bráne VIII. oddielu premiestnili fľaše s plynom a založili pod nimi oheň. Vzbúrenci sa odmietli podrobiť príkazom príslušníkov NVÚ. Preto po šiestich hodinách vyjednávania zasiahli príslušníci jednotiek rýchleho nasadenia a ozbrojených zložiek Federálneho ministerstva vnútra a Zboru nápravnej výchovy. Za tri hodiny zlikvidovali odpor militantných skupín odsúdených. Pri zásahu našli jedného mŕtveho väzňa, zranenie utrpelo 30 odsúdených a príslušníkov zásahových jednotiek. Materiálne škody na objektoch a zariadení leopoldovského NVÚ predstavovali vyše 27 miliónov Kčs.

Dňa 15. októbra 1992 sa v kinosále leopoldovského NVÚ začalo hlavné pojednávanie vo veci vzbury väzňov v NVÚ Leopoldov. Pred trestným senátom bratislavského Krajského súdu stálo 73 obžalovaných, ktorých obhajovalo 33 advokátov. Okrem obžalovaných bolo vypočutých 290 svedkov: väzňov, ktorí si odpykávali tresty odňatia slobody za inú trestnú činnosť, bývalý riaditeľ NVÚ Leopoldov, príslušníci ZNV, vyšetrovatelia z prípravného konania, ale aj vtedajší vysokí štátni činitelia - Ján Langoš, Richard Sacher, Ladislav Košťa, Vladimír Mečiar a ďalší. Bezpečnosť procesu zabezpečovalo 150 príslušníkov Zboru väzenskej a justičnej stráže SR a Pohotovostnej jednotky MV SR.

Predseda trestného senátu Krajského súdu v Bratislave JUDr. Jozef Holič vyhlásil dňa 21. apríla 1993 rozsudok, podľa ktorého bolo 61 obžalovaných odsúdených na nepodmienečné tresty odňatia slobody od 18 mesiacov do 14,5 roka (úhrnne na 345 rokov a 10 mesiacov). Vyniesol päť oslobodzujúcich rozsudkov a siedmich obžalovaných vylúčil na osobitné súdne konania.

V zákonnej lehote sa proti rozsudku krajského súdu na Najvyšší súd Slovenskej republiky odvolalo 49 obžalovaných, ale aj krajský prokurátor, ktorý podal odvolanie proti pätnástim nízkym trestom. Senát Najvyššieho súdu SR za predsedníctva Jozefa Buchtu začal verejné zasadnutie o odvolaní sa obžalovaných a prokurátora 12. septembra 1994 v bratislavskom Justičnom paláci. Odvolací súd potvrdil z veľkej časti rozsudky krajského súdu.