
Od roku 1993 pôsobil v najvyššej slovenskej lige. Najlepším umiestnením bolo štvrté miesto hneď v úvodnej sezóne 1993/1994.
Na prešovskom vojenskom cvičisku Kamenec sa 25. mája 1898 odohralo vôbec prvé oficiálne klubové futbalové stretnutie na území dnešného Slovenska, ktoré bolo v tom čase súčasťou Rakúsko-Uhorska. V exhibičnom dueli sa proti sebe postavili budapeštianske kluby Óbudai Tornaegylet a Budapesti Torna Club. Zápas zorganizoval gymnaziálny učiteľ telocviku a zakladateľ prešovskej telovýchovy František Pethe.
Práve v deň tohto futbalového stretnutia založili v Prešove aj prvý futbalový klub na Slovensku Eperjesi Torna es Vivo Egyesület - ETVE, ktorého priamym pokračovateľom je súčasný FC Tatran Prešov. Pokým sa však v názve objavilo slovo Tatran uplynulo 55 rokov, keď v roku 1953 vznikol tím DSO Tatran Prešov.
Prvým pokračovateľom klubu ETVE a ďalším predchodcom dnešného Tatrana bol klub PTVE Prešov, ktorý na východoslovenskej futbalovej scéne pôsobil v rokoch 1920-1931. Štafetu po ňom prebrala Slávia Prešov, ktorej futbalisti písali históriu prešovského futbalu v rokoch 1931-1945.
Slávia sa v roku 1938 prebojovala medzi vtedajšie najlepšie futbalové tímy Východného Slovenska. Na jej základoch a pripojením konkurenčného klubu Törekvés vznikol v roku 1945 tím PTS Prešov. Ten na jeden rok vystriedal klub DSO Slavia Prešov (1947-1948).
V roku 1948 vznikol spojením DSO Slavie Prešov a Snahy Prešov klub Sparta Dukla Prešov (1948-1950), ktorému sa podarilo postúpiť do vtedajšej prvej československej ligy. Sparta svoje prvé prvoligové vystúpenie odohrala 4. marca 1950 v Žiline s výsledkom 2:2.
Názov najstaršieho slovenského klubu, účastníka najvyššej futbalovej súťaže v bývalom Československu, sa v nasledujúcich rokoch niekoľkokrát zmenil na Dukla Prešov (1950-1951), Dukla ČSSZ Prešov (1951-1952), ČSSZ Prešov (1952-1953). V roku 1953 sa v názve objavilo slovo Tatran, keď štafetu prebral klub DSO Tatran Prešov, ktorý sa napríklad prebojoval do semifinále Dunajského pohára, keď v roku 1958 porazil Partizan Belehrad 4:1.
Po DSO Tatran Prešov nasledovali TJ Tatran Prešov (1960-1989), Tatran Agro Prešov (1989-1991), FC Tatran Prešov (1991-1996), FC Tatran Bukóza Prešov (1996-1998), FC Tatran Prešov (1998-2005), 1. FC Tatran Prešov (2005-2022) a od roku 2022 opäť FC Tatran Prešov.
Tím z metropoly Šariša odohral v rokoch 1950-1993 v česko-slovenskej najvyššej súťaži celkovo 34 ročníkov, čím sa stal klubom so štvrtým najvyšším počtom štartov zo slovenských klubov. Počas 43 rokov odohrali hráči Tatrana v najvyššej československej súťaži 938 zápasov s bilanciou 340 výhier, 208 remíz a 390 prehier. Najlepšími umiestneniami boli dve druhé miesta v ročníkoch 1964/1965 a 1972/1973, tretie miesto počas sezóny 1963/1964 a štvrté miesta v ročníkoch 1954/1955 a 1958/1959.
Víťazstvo v Československom pohári dosiahol Tatran v roku 1953 a finálovú účasť si vybojoval v rokoch 1966 a 1992. Triumf v Slovenskom pohári zaknihoval Tatran v roku 1992 a vo finále sa objavil v rokoch 1973, 1985, 1994 a 1997.
Tatran účinkoval v troch medzinárodných pohárových súťažiach. V Pohári víťazov pohárov v ročníku 1966/1967 skončil v 1. kole. V sezóne 1974/1975 sa v Pohári UEFA dostal do 2. kola. V roku 1981 sa stal víťazom Stredoeurópskeho pohára.
Od roku 1993 pôsobil v najvyššej slovenskej lige. Najlepším umiestnením bolo štvrté miesto hneď v úvodnej sezóne 1993/1994. V nasledujúcom ročníku 1994/1995 sa Tatran predstavil aj v Pohári víťazov pohárov, v ktorom prešiel cez írsky Bangor City, škótsky Dundee United a stroskotal až na neskoršom víťazovi celej súťaže Reale Zaragoza.
Prvýkrát "zelenobieli" zostúpili do druhej najvyššej slovenskej futbalovej súťaže v sezóne 2001/2002. Klub sa ocitol v kritickej situácii na hranici krachu. Z najhoršieho klub vytiahol príchod nových akcionárov v roku 2005, ktorým sa podarilo situáciu stabilizovať a pod vedením trénera Romana Pivarníka si 1. FC Tatran Prešov v sezóne 2007/2008 vybojoval po šiestich rokoch suverénnym spôsobom návrat medzi elitu.
V sezóne 2012/2013, počas ktorej si Tatran pripomenul 115. výročie vzniku, vypadol opäť z najvyššej slovenskej ligy. Do Fortuna ligy sa najstarší klub na Slovensku vrátil v ročníku 2016/2017.
Ročník 2017/2018, v ktorom si "zelenobieli" pripomínali 120 rokov od svojho vzniku, nebol pre Tatran úspešný. Domáce zápasy neodohral na svojom štadióne, ale v Poprade v Národnom tréningovom centre a tretíkrát vypadol z najvyššej súťaže.
Do tretej najvyššej slovenskej futbalovej súťaže zostúpili Prešovčania v sezóne 2018/2019, v ktorej pôsobili tri sezóny. O ligu vyššie postúpili v ročníku 2021/2022. V súčasnosti sa FC Tatran Prešov snaží o návrat do Fortuna Ligy. Najstarší slovenský futbalový klub si v utorkovom barážovom zápase, v ktorom zdolal ViOn Zlaté Moravce 1:0, vytvoril lepšiu pozíciu pred piatkovou (26. mája) odvetou na ihrisku súpera.