Mutkovič strávil väčšinu hráčskej kariéry v Slovane Bratislava, s ktorým získal tri majstrovské tituly a raz vyhral Československý pohár.
Mutkovič strávil väčšinu hráčskej kariéry v Slovane Bratislava, s ktorým získal tri majstrovské tituly a raz vyhral Československý pohár. Bol tiež súčasťou tímu, ktorý v roku 1969 triumfoval vo finále Pohára víťazov pohárov nad FC Barcelona 3:2. Spoľahlivý obranca odohral po desaťročnom angažmáne v Slovane aj jednu sezónu v Žiline, záverečné tri roky hráčskej kariéry pôsobil v Rakúsku. Neskôr sa venoval práci s mládežou, vo februári 1999 bol jeden z kandidátov na post prezidenta SFZ.